O Conselho de Administração da Fundação é composto por dez membros :
- Embaixador do Brasil na França, presidente da Fundação,
- Reitor e Chanceler da Academia de Paris,
- Presidente da Fundação Nacional da Cité Internationale Universitaire de Paris,
- Diretor-Geral da Cité Internationale Universitaire de Paris,
- Presidente da CAPES (MEC),
- Presidente do CNPq (MCT),
- 2 convidados membros de nacionalidade francesa,
- 2 convidados membros de nacionalidade brasileira.
O Diretor da Fundação Casa do Brasil é convidado de direito para as reuniões do Conselho de Administração.
A Fundação é supervisionada por um Auditor de Contas oficial e por um Escritório de Contabilidade.